R語言中提供了大量的內置函數為用戶解決有關問題，同時，R語言中允許用戶編寫自己的函數來解決實際問題。

R語言中定義自己的函數語法格式：

functionname <- function( arglist ) expr
return (value)

上面的語法中，functionname為自己定義的函數名稱；arglist是函數的參數列表，可以沒有參數，也可以有1個到多個參數；expr是自己編寫的相關語句；value是返回值，如沒有返回值，可以不寫return部分。

編寫函數時可以使用R編輯器的程序腳本功能來編寫：在R軟件中選擇菜單“文件”—>"新建程序腳本"，打開“R編輯器”，編寫自己的函數程序。編輯完后，選擇菜單“文件”—>“保存”，輸入函數的文件名即可。在使用時，需要將函數加載到R中：可以使用菜單“文件”—>“運行R腳本文件”，然后選擇要運行的函數，或者執行代碼“source(函數名所在文件名.R)”即可。

如在R軟件下直接編寫的函數，可以直接調用。

下面舉幾個例子來說明一下具體用法：

（1）無參函數

welcom<-function()
{
print("Welcome to my site:www.companysz.com")
}

將該函數保存到文件

該函數執行時，不需要給出參數，其作用是輸出一行字符串：Welcome to my site:www.companysz.com.

（2）帶參數的函數

編寫一個函數，求出向量中的最大值

maxvalue<-function(x)
{
if(length(x)==0)
stop("參數x不能為空值。");
maxv<-x[1]
for(i in 2:length(x))
if(x[i] > maxv)
maxv <- x[i]
return(maxv)
}

如使用本函數求下面向量X的值

X<-c(11,34,21,38,71,29)
maxvalue(X)

輸出：71

（3）帶默認參數的函數

有時一個函數中有多個參數時，部分參數可能在一些情況下用戶不必提供或用戶無法提供時，可以使用默認值。

編寫一個函數，求出三個數的最大值

maxnum<-function(n1,n2=0,n3)
{
maxn <- n1
if(n2 > maxn)
maxn <- n2
if(n3 > maxn)
maxn <- n3
return(maxn)
}

這個自定義函數中，n2使用了默認值0，在調用時，下面幾種格式都是合法的。

maxnum(1,2,3)
maxnum(1,n3=3) 

上面第二個調用中，參數n2沒有給出值，則會使用其默認值，但n3必須使用參數名來調用，否則，會發生n3沒有賦值的錯誤，因為R會按照給出的參數列表從左到右依次給每個參數賦值，如不用參數名，3會給了參數n2，造成沒有默認值的參數n3沒有賦值的錯誤。

最好的做法是，將帶有默認值的參數放在所有參數的后面。