以我們幫客戶維護網站經驗來看，多用戶賬戶分離式比較安全的，一個網站有問題不會影響別的網站安全。大家可以看這篇文章(IIS 多站點 用戶隔離視頻教程)再接著看下面的文章。
服務器要考慮穩定、安全、性能修改默認站點為e:/webdefault/www，刪掉c:/inetpub目錄，刪除iis不必要的映射

目錄安排： 在E盤建一個web目錄，每個站點的主域名為目錄名建目錄，再以每個站點的二級域名為目錄名建目錄做為網站根目錄。